Svima je dobro poznat pojam sezonskih migracija kad se govori o pticama, ali one su prisutne i kod brojnih sisavaca poput velikih krda antilopa u Africi ili sobova na dalekom sjeveru. Ipak, od svih sisavaca najdulje puteve u migraciji prevaljuju kitovi i – šišmiši.
No ne putuju daleko baš sve vrste šišmiša pa tako možemo razlikovati one koje se cijele godine zadržavaju na istom području, migrirajući tek nekoliko desetaka kilometara između različitih skloništa (sedentarne vrste) i one koje redovito sezonski migriraju više stotina kilometara (migratorne).
Među migratornim vrstama razlikujemo one koje prevaljuju kraće udaljenosti (par stotina kilometara) i prave migratorne vrste koje nerijetko prijeđu i više od 1000 km za vrijeme sezonskih migracija.
U prvu skupinu spadaju one vrste šišmiša koje formiraju porodiljne kolonije na područjima posebno bogatim hranom, ali im za hibernaciju trebaju podzemna skloništa poput špilja, u kojima temperatura ne pada ispod točke smrzavanja. Takvi šišmiši onda u jesen sele na područja južnije od svojih ljetnih staništa do odgovarajućih špilja. Kod takvih populacija migracija može potpuno izostati ako se na istom području gdje borave ljeti nalaze i povoljna zimska skloništa.
Druga skupina su prave migratorne vrste koje migriraju na velike udaljenosti, u Europi i do 1900 km. To su redom vrste dugih krila koje mogu relativno brzo letjeti te plijen love u letu. Zimu ove vrste provode u pukotinama stijena ili u šupljinama u drveću što znači da mogu boraviti na mjestima izloženijim vanjskim uvjetima nego što su podzemna skloništa.
U jednoj noći većina vrsta može prevaliti 30 – 50 km, ali poznati su slučajevi i mnogo većih udaljenosti od na primjer 90 km koje jedinke prolaze svakoga dana. Migrirajući otvorenim područjima uglavnom prate crtu obale, a na kontinentu najčešće lete prateći velike riječne doline ili druge velike linearne elemente staništa (planinske lance, doline, šume i sl.).
Nije još sasvim poznat način na koji se šišmiši orijentiraju za vrijeme migracije, no postoje eksperimentalni dokazi da mogu osjetiti magnetsko polje Zemlje, ali sam mehanizam na koji to postižu još uvijek je nepoznanica.