Buđenje
U proljeće, u Europi je uobičajeno da vrijeme postaje sve toplije te se polako pojavljuju i prvi kukci, a šišmiši se bude iz hibernacije. Pojava kukaca šišmišima omogućava obilnije hranjenje, kojeg nije bilo cijelu zimu.
Proces buđenja šišmiša iz hibernacije nije točno poznat, ali smatra se da je okidač produljeno razdoblje (desetak dana) s dnevnom temperaturom od bar 10 °C. Poznato je da se šišmiši povremenu bude za vrijeme hibernacije, uglavnom kako bi promijenili lokaciju, pili vodu, uhvatili nešto hrane ako je dostupna ili urinirali. U proljeće promjena temperature vjerojatno potiče veći broj jedinki da se povremeno bude, što s vremenom dovodi do toga da cijela skupina završava s hibernacijom i postane svakodnevno aktivna.
Šišmiši podižu tjelesnu temperaturu bez potrebe za vanjskom energijom. Koriste energiju pohranjenu u masnom tkivu koja se odmah pretvara u toplinu, slično kao i kod drugih sisavaca koji hiberniraju. Budeći se iz hibernacije, šišmiši se tresu i drhte, što može potrajati dulje vrijeme dok ne povrate normalnu tjelesnu temperaturu.
Hranjenje
Za vrijeme hibernacije, u zimskom razdoblju, šišmiši izgube i preko trećine tjelesne mase. Izgubljena masa je masno tkivo koje su skupljali intenzivnim hranjenjem prije početka hibernacije. Za trajanja hibernacije šišmiši su u dubokom snu te ne love kukce nego troše isključivo sakupljene zalihe za preživljavanje tog razdoblja.
Toplije vrijeme u razdoblju nakon zime sa sobom donosi i sve veću prisutnost kukaca, glavne hrane šišmišima. U to doba dolazi i do oplodnje pa je ženkama i zbog skorašnjeg rađanja i brige o mladima naročito važno iskoristiti izobilje hrane te povratiti energiju izgubljenu tijekom dugih mjeseci u hibernaciji.
Različite vrste imaju i različite preferencije kad je riječ o plijenu. Veći šišmiši rado će loviti velike noćne leptire i kornjaše dok su manjim vrstama draži plijen razni dvokrilci, opnokrilci, zlatooke i drugi mali leteći kukci.
Rađanje mladih i briga o njima
Kod većine vrsta, ženke spermu, koju su skupile od mužjaka još na jesen u vrijeme parenja, čitavu zimu drže pohranjenu u jajnicima i tek na proljeće, s povećanjem prisutnosti hrane, dolazi do ovulacije i oplodnje. Ženke uglavnom kote samo jedno mlado, iako su kod nekih vrsta blizanci češći nego kod drugih. Tri mlada su jako rijetka pojava.
Ženke se okupljaju u grupe koje nazivamo porodiljne ili majčinske kolonije. U porodiljnim kolonijama obično nema mužjaka, koji tada žive sami ili formiraju svoje kolonije. Kad se mladi okote – uglavnom u lipnju, ali na jugu Europe to se može dogoditi i ranije – ostaju u porodiljnim kolonijama s majkom sve dok ne nauče samostalno letjeti, što obično traje 4 – 6 tjedana. Gotovo cijelo to vrijeme mladi provode držeći se za tijelo majke. Kad kreću u lov na kukce, ženke nekih vrsta mlade ostavljaju u kolonijama dok ih druge nose na sebi i u letu. Kad ostaju sami u skloništu, mladi šišmiši često vise u gustim grupama kako bi se međusobno grijali. Majke se ipak povremeno tijekom noći vraćaju u koloniju nahraniti ih, tako da je dio majki uvijek prisutan u koloniji dok drugi dio lovi.
Kad nauče letjeti, mladi u početku lete zajedno s majkom koja ih uči loviti kukce i drugi plijen te naći vodu. Zbog specifičnog načina na koji šišmiši piju vodu – grabeći je repnim dijelom letnice iz koje onda piju kao iz posude ili leteći nisko iznad površine da uzmu vodu direktno jezikom – i tu vještinu mladi šišmiši svladavaju uz majčinu pomoć. Kad steknu ove vještine odvajaju se od majke i love samostalno. U ovo će se doba ljudi najčešće susretati sa šišmišima koji im ulete u kuće i urede. Radi se, često, upravo o mladima šišmišima koji se još slabo snalaze u prostoru pa zalutaju u ljudske nastambe u potrazi za hranom.
Mužjaci cijelo ovo vrijeme provode odvojeno od ženki i mladih. Moguće je i da se nalaze na sasvim drugom geografskom području jer ženke nerijetko nakon izlaska iz hibernacije migriraju do lokacija skloništa u kojima formiraju porodiljne kolonije, dok mužjaci ostaju bliže zimskom skloništu kroz cijelo proljeće i ljeto.
Parenje
Kasno ljeto i početak jeseni razdoblje je kad je u većem dijelu Europe još toplo te su i kukci, glavna hrana šišmiša, brojni i aktivni. U ovo doba su se i mladi šišmiši, rođeni nekoliko mjeseci ranije, već odvojili od majki. Ova kombinacija čini ovo razdoblje povoljnim za parenje.
Većina vrsta šišmiša tada se počinje okupljati na ulazima u špilje ili oko drugih skloništa. Ova pojava često se naziva „rojenje“. U takvim grupama mužjaci su uglavnom u većini. Nije sasvim jasno zašto se šišmiši okupljaju u ovako velikom broju, ali budući da za vrijeme „rojenja“ dolazi do parenja pretpostavlja se da je to i glavni razlog. Osim parenja, ovo je i dobra prilika da se provjeri lokacija za hibernaciju te da mladi od odraslih nauče naći skloništa koja će biti najbolja za tu namjenu. Briga za mlade više nije zadatak majke već mladi šišmiši prate pripadnike svoje vrste i tako stječu ovo novo znanje. Lokacija im ostaje u pamćenju kroz česte dolaske i kasnije će je moći pronaći kad dođe vrijeme hibernacije.
Nakon parenja ne dolazi odmah do oplodnje i razvoja zametka već ženke spermu mužjaka pohranjuju u jajnicima, a ovulaciju i oplodnju odgađaju do proljeća kad će im povoljni vremenski uvjeti omogućiti dosta hrane za razvoj zametka i othranu mladih. Kod nekih vrsta ipak do oplodnje dolazi odmah, ali se onda implantacija zametka odgađa do proljeća.
Povlačenje u zimska skloništa
Šišmiši se intenzivno hrane, skupljajući zalihe masti koje će im pomoći da, sklonjeni na sigurno, prežive zimski period u hibernaciji. Različite vrste sklonit će se na različitim mjestima. Najčešće su to špilje i drugi podzemni objekti poput rudnika i tunela, ali neke vrste svoja zimovališta ipak traže u šupljinama stabala, pukotinama stijena ili otvorima na ljudskim nastambama. Glavni čimbenici pri odabiru skloništa za hibernaciju su temperatura i kvaliteta okolnog staništa (odnosno dostupnost hrane), a naročito je bitno da se radi o lokaciji gdje temperatura neće pasti ispod točke smrzavanja.
Zima
Šišmiši u Europi zimu provode hibernirajući. To je fiziološka prilagodba kada dolazi do namjernog spuštanja temperature tijela te usporavanja disanja i rada srca. U hibernaciji šišmiši troše jako malo energije što im omogućuje da prežive to razdoblje nedostatka hrane. Neke vrste u hibernaciji provedu cijelu zimu, a neke se povremeno bude i premještaju u druga skloništa. U područjima s blažom zimom neke će vrste cijelu zimu povremeno izlaziti u potragu za hranom, prekidajući hibernaciju više puta. Različite vrste hiberniraju na različite načine. Neki se smjeste na „police“ u špiljama ili drugim skloništima i uglavnom provode hibernaciju sami. Drugi se skupljaju u guste grupe koje se povremeno transformiraju da bi jedinke s ruba grupe došle u sredinu malo se ugrijati i obrnuto. Neki šišmiši vise u grupama, ali ipak ne tijelo uz tijelo već jedinke drže veći međusobni razmak.
Hibernacija na geografskoj širini na kojoj je Hrvatska obično traje oko 4 mjeseca, dok u nekim hladnijim područjima može potrajati i 6 mjeseci. Ne počinje svake godine u isto vrijeme već ovisi o vremenskim uvjetima. Kad temperatura padne ispod optimalne za aktivnost kukaca i potraje dulje vrijeme, kukaca će biti sve manje te šišmiši u nekom trenutku procjenjuju da se više ne mogu svaku noć dovoljno nahraniti i ulaze u hibernaciju.
Kao i početak, tako i trajanje i završetak hibernacije ovise o vremenskim uvjetima, koji pak reguliraju pojavu kukaca – uobičajene hrane europskih vrsta šišmiša.