Mjesta na kojima šišmiši borave dok nisu u lovu tj. na u kojima kote i othranjuju mlade, pare se, hiberniraju ili samo provode dan, nazivamo skloništima. Različite vrste i populacije šišmiša (populacija je skupina jedinki iste vrste na određenom području, time odvojena od drugih skupina, odnosno populacija, iste vrste na drugim područjima) biraju različita mjesta za svoja skloništa. Ugrubo, sve te lokacije možemo podijeliti na podzemna i nadzemna skloništa. Nadzemna skloništa šišmiši najvećim dijelom koriste kao dnevna skloništa u toplijem dijelu godine, dok podzemna, uz tu namjenu, većini vrsta pružaju i povoljne uvjete za provođenje zimskog razdoblja odnosno za hibernaciju. I nadzemna i podzemna skloništa dijelimo na prirodna i antropogena (stvorio ih je čovjek).
Podzemna
Špilje su prva asocijacija mnogim ljudima kad se govori o skloništima šišmiša. To nije bez razloga; smatra se da je nastanjivanje u špiljama imalo ključnu ulogu i u evoluciji šišmiša – potaklo je razvoj eholokacije i prilagodbu na noćnu aktivnost. I danas su špilje glavna skloništa velikom broju vrsta. Imaju ključnu prednost u zaštiti od predatora – rijetki predatori ulaze duboko u mrak špilje, gdje im vid ne može pomoći otkriti plijen. U svijetu su zabilježene su tek rijetke vrste zmija s razvijenim osjetilima za infracrveni spektar koje redovito ulaze u špilje u potrazi za šišmišima.
U središnjoj i sjevernoj Europi špilje su često prehladne za dnevna skloništa, ali zato dobro služe kao zimska skloništa u kojima šišmiši hiberniraju. Za razliku od onih u sjevernim područjima, podzemna staništa južnije – kakva nalazimo i na obalnom području Hrvatske – gdje je znatno toplije, šišmišima pružaju i izvrsno dnevno sklonište. Tipične vrste koje obitavaju u špiljama kroz cijelu godinu su sve vrste potkovnjaka (rod Rhinolophus), dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), veće vrste iz roda Myotis, kao i manji dugonogi šišmiš (M. capaccinii) iz istog roda.
Uz špilje koje predstavljaju prirodna podzemna skloništa, imamo i tunele i rudnike kao primjer antropogenih skloništa koja često imaju slične karakteristike kao špilje, poput potpunog mraka i male godišnje promjene temperature. To, naravno, vrijedi ako se radi o objektima koje su ljudi napustili. Rudnike i tunele u aktivnoj uporabi šišmiši ne koriste kao skloništa jer bi ih stalna prisutnost ljudi uznemiravala za vrijeme torpora i hibernacije.
Nadzemna
Prirodna nadzemna skloništa šišmiša su u prvom redu stabla tj. pukotine u stablima ili pod njihovom korom. Te pukotine mogu biti stare duplje djetlića ili jednostavno truli dijelovi drva. Ovakva skloništa naročito koriste vrste koje migriraju na velike udaljenosti poput ranog večernjaka (Nyctalus noctula), malog večernjaka (N. leisleri), malog šumskog šišmiša (Pipistrellus nathusii) i dvobojnog šišmiša (Verpsertilio murinus). Za boravak ispod odignute kore drveća specijalizirao se širokouhi mračnjak (Barbastella barbastellus) koji na takvim mjestima provede i dio zime i seli u špilje tek za vrijeme velikih mrazova.
Osim raznih šupljina u stablima, šišmiši kao skloništa koriste i uske pukotine u stijenama te prostore između blokova stijena.
Antropogena nadzemna skloništa danas su među važnijim lokacijama za skloništa šišmišima u Europi. Tako su neki šišmiši vezani za špilje prigrlili prostrane tavanske prostore, dok drugi nastanjuju pukotine na zgradama i mostovima, kutije za rolete, podrume, crkvene zvonike, šupljine u zidovima i druga mjesta gdje se lako mogu zavući, a ostati zaštićeni od uznemiravanja predatora, ljudi i kućnih ljubimaca. Bitno im je tek da im odgovara dnevna temperatura i da ima dovoljno izbočina za koje se mogu prihvatiti.
Još jedna vrsta antropogenih skloništa su kućice za šišmiše. Njih ljudi izrađuju da bi ponudili šišmišima alternativno sklonište na mjestima gdje su njihova prirodna skloništa ugrožena ili jednostavno da potaknu šišmiše da im se nasele bliže kući ili vikendici kako bi se riješili najezde kukaca, naročito komaraca. Kućice za šišmiše postavljaju i poljoprivrednici u blizini svojih usjeva, koristeći tako šišmiše kao prirodnu kontrolu štetnika.