Od svih vrsta šišmiša koje se pojavljuju u Europi (51 vrsta prema EUROBATS-u – Sporazumu o zaštiti europskih populacija šišmiša), njih čak 33 je prisutno u Hrvatskoj. Još jedna vrsta – Meheljev potkovnjak (Rhinolophus mehely) – smatra se regionalno izumrlom, ali novija istraživanja ukazuju na mogućnost da se radilo o pogrešnoj identifikaciji te da ova vrsta nije nikad ni obitavala na području Hrvatske. Na popisu vrsta prisutnih u Hrvatskoj nalazio se također primorski brkati šišmiš (Myotis aurescens), no zbog velike sličnosti s brkatim šišmišem (M. mystacinus) upitno je koje jedinke i populacije pripadaju kojoj vrsti, a genetska istraživanja nisu potvrdila prisutnost primorskog brkatog šišmiša. S 33 vrste šišmiša, Hrvatska ima najveću raznolikost faune šišmiša od svih europskih država.
Sve vrste šišmiša u Hrvatskoj su strogo zaštićene Pravilnikom o strogo zaštićenim vrstama temeljenim na Zakonu o zaštiti prirode, a njih 12 nalazi se i na Dodatcima II i IV Direktive o staništima (Direktiva Vijeća Europske unije 92/94/EEZ), što znači da se za njih izdvajaju područja očuvanja u sklopu europske ekološke mreže Natura 2000 te se kolokvijalno nazivaju i Natura vrstama.
U Crvenoj knjizi sisavaca Hrvatske nalazi se 16 vrsta šišmiša. Njih 3 su navedene kao ugrožene vrste, 3 su rizične, 5 ih je označeno kao potencijalno ugrožene vrste, a za još 5 vrsta nema dovoljno podataka.
Fauna šišmiša u Hrvatskoj je još uvijek nedovoljno istražena i, iako je malo vjerojatno da će se otkriti sasvim nova vrsta, istraživanja su potrebna da se prikupe potpuniji podaci o nekim rjeđim vrstama, o njihovim skloništima, staništima koja preferiraju te stanju populacije općenito. Vrste koje su bolje poznate treba redovito pratiti kako bismo mogli na vrijeme reagirati na potencijalne prijetnje koje bi ugrozile njihov opstanak.
